متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

 بسم اللّه الرّحمن الرّحیم 

جنایت شقاوت‌آمیز در حرم مطهر حضرت احمد بن موسی علیهماالسلام که به شهادت و مجروح شدن ده‌ها مرد و زن و کودک بی‌گناه انجامید، دل‌ها را اندوهگین و داغدار کرد. عامل یا عاملان این جنایت اندوهبار یقیناً مجازات خواهند شد ولی داغ عزیزان و نیز هتک حرمت حرم اهل‌بیت علیهم‌السلام جز با جستجو از سررشته‌ این فاجعه‌آفرینی‌ها و اقدام قاطع و خردمندانه درباره‌ آن، جبران نخواهد شد. همه در مقابله با دست دشمن آتش‌افروز و عوامل خائن یا جاهل و غافل او وظائفی برعهده داریم؛ از دستگاه‌های حافظ امنیت و قوه‌‌ قضائیه تا فعالان عرصه‌ فکر و تبلیغ و تا آحاد مردم عزیز باید ید واحده‌ای باشند در مقابل جریانی که به جان مردم و امنیت آنان و مقدسات آنان بی‌اعتنایی و بی‌احترامی روا می‌دارد. ملت عزیز و دستگاه‌های مسئول یقیناً بر توطئه‌ خباثت‌آمیز دشمنان فائق خواهند آمد، انشاءالله. 

 اینجانب به خانواده‌های عزادار این حادثه و به مردم شیراز و به همه‌ ملت ایران تسلیت می‌گویم و شفای مجروحان را از خداوند متعال مسألت می‌کنم.  

سید علی خامنه‌ای

۵ آبان ۱۴۰۱